至二十世纪,鱼玄机引起许多学者关注,对其进行专门研究。 研究文章有许袆之《女诗人鱼玄机》、谭正璧之《中国女性的文学生活·鱼玄机》、卢楚娉之《女冠诗人鱼玄机》等,及至二十世纪八、九十年代,更有缪军之《试论晚唐女诗人鱼玄机及其诗作》、曾志援之《试评唐代女诗人鱼玄机的诗》、王中华之《敢于乱礼法的女性——谈鱼玄机的诗》、艾芹之《鱼玄机的女性意识及其爱情》、张乘健之《感怀鱼玄机》、苏者聪之《论唐代女诗人鱼玄机》、曲文军之《女诗人鱼玄机考证三题》等,二十世纪九十年代还出版了彭志宪等编著的《唐代诗人鱼玄机诗编年译注》。
通俗文化中,鱼玄机也是一个比较热门的题材。有颇多出版或未出版的网络小说以鱼玄机故事为蓝本,比如向哲著《新鱼玄机传奇》,薇在旦夕著《我与你说鱼玄机》,夏雨rain著《觉今是而昨非》,玻璃唇著《爱如鲜血流千年》,吴蔚著《鱼玄机》,莲香小荷著《烟姿柳:才女鱼玄机》,王小波著《寻找无双》等等。还有一些以鱼玄机故事为题材的影视作品,比如方令正执导的电影《唐朝豪放女》等。
关于鱼玄机的罪案,温州大学张乘健教授认为,《三水小牍》关于鱼玄机“妒杀”绿翘的故事有编造的痕迹。理由有二:一、绿翘已死,她死前和鱼玄机说的话来源不可靠;二、绿翘作为鱼玄机的女僮,年龄顶多不过十几岁,而说的话义正词严,全然不像天真烂漫的稚龄女孩子的口气。这些话未见得是皇甫枚所编造,很可能就出自京兆府刀笔吏对鱼玄机罪案的陈述;而绿翘斥鱼玄机“淫佚”,简直就是京兆府尹对鱼玄机严正的判词。张乘健认为,绿翘事件必定有复杂的背景,里面隐藏着隐秘的委曲和细节;所谓鱼玄机“妒杀”案是亘古之谜,也是千古奇冤。
关于对鱼玄机的评价,明代文学家钟惺在《名媛诗归》称“绝句如此奥思,非真正有才情人,未能刻划得出,即刻划得出,而音响不能爽亮……此其道在浅深隐显之间,尤须带有秀气耳。”现代作家施蛰存说:鱼玄机诗一卷,四十九首,还有一个南宋刻本……她的诗以五、七言律诗为多,功力在薛涛之上与李冶不相上下。